Dyrektor Urzędu
- Wydział Organizacyjno – Prawny (symbol: OP)
- Wydział Finansowo – Księgowy (symbol: FK)
- Wydział Spraw Pracowniczych (symbol: SP)
- Wydział Gospodarki Nieruchomościami i Administracji (symbol: GN)
- Wydział do spraw Zamówień Publicznych (symbol: ZP)
- Biuro Spraw Obronnych Żeglugi (symbol: BSOŻ)
- Służba Bezpieczeństwa i Higieny Pracy (symbol: BHP)
- Zespół do spraw Audytu Wewnętrznego (symbol: AW)
- Administrator Bezpieczeństwa Danych (symbol: IOD)
- Pełnomocnik do spraw Ochrony Informacji Niejawnych (symbol: IN)
- Pełnomocnik do spraw Zarządzania Systemem Jakości (symbol: ISO)
- Stanowisko do spraw Komunikacji Społecznej, Promocji i Edukacji Morskiej (symbol: KE)
- Stanowisko do spraw kontroli zarządczej (KZ)
Zastępca Dyrektora ds. Inspekcji Morskich
- Inspektorat Ochrony Środowiska Morskiego (symbol: SM)
- Inspektorat Państwa Bandery i Państwa Portu (symbol: FSC/PSC)
- Inspektorat Dokumentów Marynarzy (symbol: DM)
- Wydział Oznakowania Nawigacyjnego i Systemów Bezpieczeństwa Morskiego (symbol: ON)
- Inspektorat Administracji Portów, Hydrografii z podległymi kapitanatami i bosmanatami portów (symbol: IAP)
- Inspektorat Monitorowania Bezpieczeństwa Ruchu Morskiego (symbol: RM)
Zastępca Dyrektora ds. Technicznych
- Wydział Techniczno – Inwestycyjny (symbol: TI)
- Wydział Gospodarczy, Zaopatrzenia i Transportu (symbol: ZT)
- Wydział Technologii Informatycznych (IT)
- Inspektorat Nadzoru Technicznego i Zagospodarowania Przestrzennego (symbol: NP)
- Inspektorat Ochrony Wybrzeża z podległymi Obwodami i Obchodami Ochrony Wybrzeża (symbol: OW)
- Biuro do spraw Energetyki Morskiej (symbol: BEM)
- Stanowisko do spraw Ochrony Przeciwpożarowej (symbol: PPOŻ)