Dyrektor Urzędu
- Wydział Organizacyjno – Prawny (symbol OP)
- Wydział Finansowo – Księgowy (symbol FK)
- Wydział Spraw Pracowniczych (symbol SP)
- Wydział Gospodarki Nieruchomościami i Administracji (symbol GN)
- Wydział do spraw Zamówień Publicznych (symbol ZP)
- Biuro Spraw Obronnych Żeglugi (symbol BSOŻ)
- Służba Bezpieczeństwa i Higieny Pracy (symbol BHP)
- Zespół do spraw Audytu Wewnętrznego (symbol AW)
- Administrator Bezpieczeństwa Danych (symbol IOD)
- Pełnomocnik do spraw Ochrony Informacji Niejawnych (symbol IN)
- Pełnomocnik do spraw Zarządzania Systemem Jakości (symbol ISO)
- Stanowisko do spraw Komunikacji Społecznej, Promocji i Edukacji Morskiej (symbol KE)
- Stanowisko do spraw kontroli zarządczej (symbol KZ)
Zastępca Dyrektora ds. Inspekcji Morskich
- Inspektorat Ochrony Środowiska Morskiego (symbol SM)
- Inspektorat Państwa Bandery i Państwa Portu (symbo FSC/PSC)
- Inspektorat Dokumentów Marynarzy (symbol DM)
- Wydział Oznakowania Nawigacyjnego i Systemów Bezpieczeństwa Morskiego (symbol ON)
- Inspektorat Administracji Portów, Hydrografii z podległymi kapitanatami i bosmanatami portów (symbol IAP)
- Inspektorat Monitorowania Bezpieczeństwa Ruchu Morskiego (symbol RM)
Zastępca Dyrektora ds. Technicznych
- Wydział Techniczno – Inwestycyjny (symbol TI)
- Wydział Gospodarczy, Zaopatrzenia i Transportu (symbol ZT)
- Wydział Technologii Informatycznych (symbol IT)
- Inspektorat Nadzoru Technicznego i Zagospodarowania Przestrzennego (symbol NP)
- Inspektorat Ochrony Wybrzeża z podległymi Obwodami i Obchodami Ochrony Wybrzeża (symbol OW)
- Biuro do spraw Energetyki Morskiej (symbol BEM)
- Stanowisko do spraw Ochrony Przeciwpożarowej (symbol PPOŻ)